לכל ועדת ערר של ארנונה יש מזכיר או מזכירה, ותפקידם כולל שורה של תפקידים אדמיניסטרטיביים, ואלה עשרת העיקריים שבהם:

א. ניהול פנקס העררים, הכולל את רישום העררים שנתקבלו ואת מועד קבלתם;

ב. קבלת כתבי בי-דין, כגון: כתב הערר, תשובת מנהל הארנונה, בקשות שהוגשו וכיוצא באלה והטבעת חותמת "נתקבל" הנושאת את שם ועדת הערר ותאריך;

ג. שיגורם של כתבי בי-דין ליו"ר ועדת הערר, לחברי ועדת הערר, לעורר ולמנהל הארנונה;

ד. קביעת מועדי הדיון של ועדת הערר;

ה. הזמנת הצדדים לדיונים שנקבעו;

ו. הזמנת עדים;

ז. שיגור החלטת ועדת הערר לצדדים;

ח. ניהול פרוטוקול ועדת הערר;

ט. תיוק העררים;

י. גניזת תיקי ערר שהסתיימו.

ועדת הערר היא מותב שיפוטי לכל דבר ועניין, וכללי המשפט המנהלי חלים עליה. האפשרות של צד לדיון משפטי להשפיע על הניהול האדמיניסטרטיבי של מותב שיפוטי היא אפשרות פסולה לחלוטין.

כאשר ברשות מקומית פלונית יש מספר זעום של עררים בשנה, אין הצדקה למנות מזכיר לוועדת הערר במשרה מלאה, אולם אם מספר העררים הוא רב, יש למנות מזכיר שאינו עוסק בתחום אחר.

הרשות השיפוטית אינה כפופה לרשות המבצעת, ועל כן המזכיר של כל בית משפט כפוף לנשיא בית המשפט. מטעם זה, אין להכפיף את מזכיר ועדות הערר לשום גורם ברשות המקומית שהיא רשות מבצעת, אלא ליו"ר ועדת הערר.

על יו"ר ועדת הערר מוטלת חובה להנחות את מזכיר ועדת הערר במילוי תפקידיו המנהליים ולפקח על ביצועם.

אין פסול בכך, שמזכיר ועדת הערר מקבל את שכרו מקופת הרשות המקומית, ובלבד שאת הוראותיו הוא יקבל אך ורק מיו"ר ועדת הערר. אין פסול בכך, שמזכיר ועדת הערר ימלא תפקידים נוספים ברשות המקומית, ובלבד שלא יהיה מעורב באופו אישי בקבלת החלטות הנוגעות לגביית הארנונה, משום שמעורבות כזו עלולה לטשטש את הגבולות בין תפקידיו השונים.

יש מספר רשויות מקומיות, שבהן מכהנת יותר מוועדת ערר אחת של ארנונה. במקרה כזה, על המועצה להחליט מי מבין יושבי הראש של ועדות הערר יכהן כנשיא ועדות הערר. מזכיר ועדות הערר יהיה כפוף לנשיא ועדות הערר. הנשיא יחליט איזו ועדת ערר תדון בכל ערר שיוגש, וינחה את המזכיר בהתאם לכך.