פקיד השומה של הארנונה מפיק את שומת הארנונה. במעשה השומה מיישם פקיד השומה את הכללים שבדין על בסיס הנתונים המצוי בספר הנישומים והנכסים. בשומת הארנונה מוטלת על פקיד השומה של הארנונה חובה להציג את עמדת הרשות המקומית בכל יסודות השומה שבדין: זהות הנישום, הנכסים נשוא השומה, שטחם והשימוש שנעשה בהם, וסכום ארנונה שהנישום נדרש לשלמו. לאחר הפקת שומת הארנונה, מוצאת הודעת שומה ונשלחת אל הנישום.

כאשר הנישום אינו שבע רצון משומת הארנונה, הוא רשאי להתנגד לה בדרך של השגה על השומה, והיא השלב הראשון של התנגדות הנישום לשומת הארנונה. בדומה לחוקי מס אחרים, נועד שלב ההשגה לאפשר לפקיד השומה ולנישום לקיים דיאלוג מבלי להיזקק להליכים משפטיים.

לדיאלוג זה יש חשיבות בכמה מישורים. ראשית, הוא נועד לאפשר לפקיד השומה ולנישום להגיע בכוחות משותפים לשומה מוסכמת - אם בדרך של שכנוע הדדי ואם בדרך של ויתורים הדדיים ופשרה הן במחלוקות עובדתיות והן במחלוקות על דרכי היישום של הדין ופרשנותו.

לא מן הנמנע, כי במהלך הדיאלוג יגיעו הצדדים להסכמות בדבר חלק מהמחלוקות שביניהם, ובכך יצמצמו את היריעה המשפטית, שתובא להכרעה של ועדת הערר - וזהו הטעם השני לקיום הדיאלוג.

טעם נוסף לדיאלוג בין פקיד השומה לבין הנישום הוא התנהלות ציבורית הוגנת, ומתן לגיטימציה חברתית לכפייה שבדיני המס באמצעות זכות הנישום להתנגד לשומת המס והקניית כלים להביע את התנגדותו. ליישום נבון של הדיאלוג ושיתוף פעולה אמיתי עם מנהל הארנונה יש תועלת כפולה: ליתן לצדדים הזדמנות לגשר על פני מחלוקות עובדתיות ומשפטיות-פרשניות, וליתן לנישום הזדמנות "לשחרר קיטור" ולהתייחס אל שומת הארנונה לגופה בדרך עניינית והגיונית.

מטעמים אלה, מנהל ארנונה שאינו מנסה למצות את שלב הדיון בהשגה, מוותר על כלי חשוב בפתרון המחלוקת בין הרשות לבין הנישום. כאשר הנישום דורש במסגרת כתב ההשגה לקיים דיון בפני מנהל הארנונה, וזה דוחה את ההשגה מבלי להזמין את הנישום לדיון, תעלה השאלה האם מנהל הארנונה חרג מסמכותו, ובכך הקים עילה לפסילת החלטתו על ידי ועדת הערר ועל ידי בית המשפט המנהלי בעילה של מינהל ציבורי לא תקין בשל פגיעה בזכות הטיעון.

בפסיקת בתי המשפט קיים עיסוק מועט יחסית בטעמים לקיום הליך ההשגה ולאחריו הליך הערר, ובמסגרת זאת צוינו הדברים הבאים:

עוד אוזכרו בפסיקה הטעמים הבאים: גיבוש התשתית העובדתית אשר תשמש את בית המשפט, לרבות בדרך של בדיקת המצב בפועל, האפשרות לקיום הידברות בין הצדדים, ומתן שירות לציבור באופן מיטבי.

הגשת השגה על ידי הנישום עונה גם על דרישת ה"הודעה בכתב" בסעיף 6 לחוק הרשויות המקומיות (ריבית והפרשי הצמדה על תשלומי חובה), התש"ם - 1980, כתנאי לחיוב הרשות המקומית בתשלום ריבית במקרה של השבת סכומי ארנונה שחויבו ביתר ושולמו בידי הנישום.

השגה היא שומה נגדית מטעם הנישום. הכללים שחלים על שומת הארנונה חלים גם על השגה, אולם, הנישום אינו חייב לפרט בהשגתו את יסודות השומה שעליהם הוא אינו חולק.

ההשגה על שומת הארנונה מוגשת למנהל הארנונה. מנהל הארנונה רשאי לקבל את ההשגה במלואה או בחלקה, והוא רשאי לדחותה. כאשר הנישום אינו שבע רצון מהחלטת מנהל הארנונה בהשגה, הוא רשאי להתנגד לה בדרך של הגשת ערר לוועדת הערר לענייני ארנונה.

על החלטת ועדת הערר רשאים מנהל הארנונה והנישום לערער בזכות בפני בית המשפט המחוזי בשבתו כבית משפט לעניינים מנהליים.

על פסק דינו של בית המשפט המחוזי אין זכות ערעור, אולם רשאים הצדדים לבקש מבית המשפט העליון, כי ייתן להם רשות לערער. כאשר רשות כזו ניתנת, דן בית המשפט העליון בערעור.

הגשת השגה על שומת הארנונה היא דרך המלך להתנגדות לשומת הארנונה. לעתים, ניתן להתנגד לשומת הארנונה במסגרת הגנה מפני תובענה כספית של הרשות המקומית, בהתנגדות לגבייה מנהלית, בתובענה להשבת ארנונה שנגבתה ביתר, ובתובענה למתן פסק דין הצהרתי בדבר השומה הנכונה.

לשם בחירת הפורום הנאות לתקיפת החיוב בארנונה, יש להבחין בין פעולת מועצת הרשות המקומית לבין פעולת הרשות המקומית עצמה. בהתקינה את צו הארנונה, פועלת המועצה כרשות מחוקקת. בקביעת שומת הארנונה, המוטלת על כל נישום ונישום, פועלת הרשות המקומית כרשות מבצעת. נישום המבקש לתקוף את החיוב בארנונה, צריך לזהות את הגורם הנתקף - מעשה החקיקה או מעשה השומה.

בחירת הפורום הנאות לתקיפת חיוב הארנונה אינה פשוטה כלל ועיקר. לעתים, התקיפה היא של צו הטלת הארנונה ושל שומת הארנונה כאחד, ולעתים, תוקפים דבר אחד במסווה של דבר אחר. לא הצורה שבה הלבישו הצדדים את התובענה היא הקובעת, כי אם התוכן.

כאשר מועלית טענת חוסר סמכות של הערכאה השיפוטית, חובה עליה לדון בה, אפילו ביוזמתה, שכן כללי הוויתור וההסכמה לא חלים בעניין זה. עם זאת, בית המשפט העליון קבע, כי אין מקום לקבל ערעור בשל טענת חוסר סמכות, מקום בו טענה זו הועלתה בשלב מאוחר של הדיון בבית המשפט קמא, והתנהל דיון הוכחות מלא. עוד נפסק, כי סמכותו הכללית של בית המשפט מאפשרת לו לדון גם בעניינים שהובאו לפניו למרות מסלול ההשגה הקבוע בחוק, למרות שסמכות זו תופעל במקרים חריגים בלבד.