האם יש לשום מקרקעין שהופקעו לצורך כביש חוצה ישראל בהתאם לשוויים כקרקע חקלאית, ובהתעלם מייעודם על פי התכנית המפקיעה או שמא יש להעריך את המקרקעין בייעודם ובשימוש החדש שנעשה בהם על פי אותה תכנית (דהיינו כביש אגרה- מסחרי)?
מחלוקת זו הונחה בפתחה של הוועדה לפיצויים על פי חוק כביש ארצי לישראל שליד בית משפט השלום בתל- אביב ומקורה בדרך כלל בהליכי הפקעה שבעל המקרקעין טוען כי יש לחשב את הפיצוי על פי שווי הקרקע ערב ההפקעה שכן הייעוד לצורך ציבורי פוגע בשווי הקרקע ואילו במקרה זה, לטענת התובעים, "התהפכו היוצרות, וכי שוויים של המקרקעין, לאחר ההפקעה - עלו והוכפלו, והם זכאים לקבל את הפיצוי, לפי שוויים בייעודם החדש ככביש אגרה - מסחרי."
הוועדה לפיצויים החליטה כי הבעלים אינם זכאים לפיצוי אלא כדי שווי הקרקע בייעודה כקרקע חקלאית. הסיבות: מכוח הוראות הדין המיוחד שנחקק לצורך כביש חוצה ישראל וכן עקב העיקרון הכללי שאין מקום שבעל המקרקעין "ייהנה" מהייעוד הציבורי, ככל שהוא משביח, בעוד שעיקרון הפיצוי צריך להיות שבעל הקרקע לא ייפגע ופיצוי לפי השווי החקלאי "מכסה את פגיעתו".
"לעיני ביהמ"ש עומד העיקרון לפיו, אין מקום לשלול מן האזרח, פיצוי הוגן וראוי, עקב הפקעה, אך מאידך, אין מקום להעניק לו פיצויים, שיגרמו להתעשרות שלו, שלא כדין, ושלא לומר שלא בצדק. האזרח אינו צד לפיתוח הנעשה, לעיתים תוך השקעה, או לקיחת סיכונים, בעשרות ומאות מיליוני שקלים, והוא אינו נוטל על עצמו סיכון ואינו נושא במימון של אותו הפיתוח, גם אם זה, במקרים נדירים, לאחר שנים רבות (לפעמים) מכסה את הוצאות הפיתוח וההשקעה. גם אם באופן תיאורטי, נותר בידי המדינה, מעט עודף תקציבי, הרי שיש להניח, כי עודף זה משמש לתחזוקת הפרויקט או כדי לקדם פרויקטים אחרים של פיתוח, ואין להתייחס אליו בהיבט של רווח מסחרי."