בחינה מדוקדקת של דיני המס השונים, הפסיקה ונוהלי רשויות המס מלמדת כי השקעה בדירות נופש עלולה להיות השקעה הכרוכה בסיכוני מס לא מעטים. במאמר זה נציין ב"קליפת אגוז" כמה סיכוני מס אשר יש לקחת בחשבון, זאת בנוסף לבחינת התשואה העשויה להתקבל מהשקעה בנכס מסוג זה, וכמובן בהנאה אשר עשויה להיות מופקת ממנו.
פטור ממס שבח במכירת הדירה - תיקון מס' 34 לחוק מס שבח מקשה כיום על בעלי דירות נופש למכור את דירותיהם בפטור ממס שבח, וזאת לנוכח הוספת התנאי כי דירת המגורים הנמכרת צריכה להיות "מזכה" (משמשת בעיקרה למגורים או סגורה קודם למכירתה, תקופת זמן הקבועה בחוק). בעלי דירות נופש רבים מעמידים את דירותיהם לטובת חברת מאגר אשר מעמידה את הדירה להשכרות קצרות מועד בדרך כלל. דבר זה פוגע בהיות הדירה "מזכה", ובכך עלול להישלל הפטור ממס שבח בעת מכירתה.
גובה מס הרכישה - כדי ליהנות משיעורי מס הרכישה הפרוגרסיביים השמורים לרכישת דירת מגורים לא די בכך שדירת הנופש עונה על המבחן האובייקטיבי המתייחס לקיומם של מתקנים המצויים בדרך כלל בדירה רגילה (שירותים, מקלחת ומטבח), אלא עליה לענות על המבחן הסובייקטיבי, קרי הכוונה להשתמש בדירה למגורים לאורך תקופה ארוכה. בכל מקרה, בעקבות תיקון מס' 45 לחוק מס שבח, החל מ-1 לינואר 2000 רכישת דירה שניה על ידי תושב ישראל, ובכלל זה דירת נופש אשר תשמש למגורים כאמור, תחויב במס רכישה בשיעורים גבוהים יותר בהשוואה למס הרכישה אשר מוטל ברכישת דירת מגורים ראשונה. בעקבות תיקון זה תושב חוץ הרוכש דירת מגורים בישראל בכל מקרה צפוי לשלם את שיעורי מס הרכישה הגבוהים.
קיזוז מע"מ ברכישה - המע"מ המגולגל על רוכש דירת נופש אינו עונה במקרים רבים להגדרת "מס תשומות" הקבועה בחוק מע"מ, זאת מאחר ועסקת הרכישה אינה מתבצעת לצורכי עסקו או לשימוש בעסקו של הרוכש. אי לכך, במרבית המקרים אין אפשרות חוקית לנכות את מע"מ התשומות שברכישה.
פטור ממס בגין דמי השכירות - העמדת דירת המגורים לרשות חב' המאגר, או שימוש בדירה להשכרות קצרות עשויה לשלול את האפשרות מבעלי הדירה ליהנות מהקלות המס השמורות להשכרת הדירה למגורים, ובכלל זה פטור מלא ממס בגין דמי השכירות המתקבלים.
מס מכירה במכירה - דירת נופש עשויה להתחייב החל מ-1 בינואר 2000 במס מכירה בעת מכירתה בשיעור של 2.5% משווי המכירה. מס זה לא ניתן לניכוי בחישוב השבח.
