בעסקת קומבינציה, בהיותה עסקת חליפין - קרקע בתמורה לשירותי בנייה - יש בדרך כלל שני שלבים לחבות במע"מ:
א. חשבונית עצמית אותה מוציא הקבלן על עצמו בגין רכישת הקרקע מבעל הקרקע הפרטי (אם איננו עוסק). חשבונית זו אינה נושאת חבות אמיתית בתשלום כסף לרשויות המס, מאחר שהקבלן רשאי להתקזז (עם עצמו) ולפיכך אין מס ערך מוסף לתשלום בגין חשבונית זו, בדו"ח החודשי. המועד להוצאת חשבונית מס זו הינו תוך התקופה הקבועה בחוק מהרגע שהקבלן תופס חזקה בקרקע ולא בעת חתימת ההסכם, אך לפי חוק מע"מ אין כל מניעה שהקבלן יקדים מועד הוצאת חשבונית מס זו. ממילא אין לה נפקות כספית, ועל כן אין בכך חשיבות כלכלית אמיתית.
ב. חשבונית מס אותה מוציא הקבלן על שם אדם פרטי בעל הקרקע בגין בניית דירות עבורו. בגין חשבונית זו קיימת חבות מע"מ אמיתית, ולפיכך בד"כ מעבירים הקבלנים את נטל המע"מ בגין בניית דירות הבעלים על הבעלים ודורשים מהם את המע"מ החל על העסקה.
מהו מועד הוצאת חשבונית מס זו?
מועד החבות במס היא בעת שהקבלן מקבל תשלום על חשבון הבנייה, ואם התשלום הינו אך ורק במתן מקרקעי הקבלן לרשותו, הרי לפי הילכת ניכן, פ.ל., רמש"ר ואחרים, מועד עלייה על הקרקע (נטילת חזקה במקרקעין) על ידי הקבלן הוא מועד "התשלום" לקבלן על ידי אדם פרטי, ובאותו מועד, תוך התקופה הקבועה בחוק, חייב הקבלן להוציא ח-ן מע"מ ולשלם את המע"מ החל. ככל הנראה, באותו מועד ידרוש גם הקבלן, על פי הסכם הקומבינציה, את תשלום המע"מ מהבעלים.
מהו סכום המע"מ על הבנייה?
כאן יש מחלוקת פוסקים, לרבות פסיקה סותרת בבית המשפט העליון. האמת ניתנת להיאמר כי על פי החוק, המע"מ יוטל על עלות שירותי הבנייה שבונה הקבלן לבעלים, בתוספת דיווח קבלני. על פי פס"ד ניכן, קיימת דרך כלל זהות בין שומת מס שבח על הקרקע שנמכרת לקבלן (עליה קבלן חייב במס רכישה) לבין שומת מע"מ של הקבלן. זאת מאחר ששומת מס שבח נמדדת לפי הילכת כהגן וברקאי, בהתאם למספר המטרים שבונה קבלן לאדם פרטי, כפול עלות בנייה בתוספת רווח קבלני מקובל (ה"ב מס שבח 23/98), ולפיכך קיימת בדרך כלל זהות בין שומת מס שבח לבין שומת מע"מ. בפס"ד פ.ל. נקבע, כי העיקרון שנפסק בהלכת ניכן, אשר לפיו שומת מע"מ תצא לפי שומת השבח, תחול על שומת מכירת הקרקע במזומן אלמלא התשלום על ידי בניית דירות. כידוע, בדרך כלל שומת קרקע במזומן נמוכה משומת עלות מטרים לבנייה בתוספת רווח מקובל.
על הטעות שבהלכת פ.ל. בעליון נמתחה ביקורת במשרדי מע"מ, ופקידי מע"מ סוטים ממנה כהלכה שאין מורין לפיה. הפרקטיקה הקיימת, לפיה שומות מס שבח הן הבסיס לשומות מע"מ ממשיכה על אף מספר הבדלים בין השומות.
